消化不良性腹泻首先要在饮食结构和习惯上做出调整，其次在医生的指导下使用药物治疗。
饮食上尽量以清淡的流质食物为宜，少吃生冷寒凉、刺激性强的食物，多吃新鲜的蔬菜和水果。尽量养成少量多次的饮食习惯，减少暴饮暴食的现象。
可以使用双歧杆菌、二联活菌、三联活菌、枯草杆菌等益生菌调理肠道菌群，必要时配合莫沙必利、曲美布汀等药物调理胃肠道动力。
治疗期间要做好腹部的保暖工作，可以用毛巾、热水袋热敷，防止腹部受凉。
