1、非致病性微生物引起的肝实质性疾病
包括：酒精性肝硬化、药物及化学毒物等所致的急慢性肝功能衰竭，先天性肝纤维化，囊性纤维性肝病，巨大肝囊肿，布一加综合征，严重难复性外伤，自身免疫性肝炎等。
2、各种致病微生物引起的各类肝炎及肝硬化致肝功能衰竭，门静脉高压症
包括：HBV及HCV所致的急慢性重型肝炎、肝硬化，血吸虫病，肝包虫病等，其中HBV感染相关的急慢性重型肝炎、肝硬化、肝功能衰竭是目前我国最多见的肝移植适应证，几乎占到所有病例的80%～90%，如何防治肝移植术后病毒再感染是这类疾病治疗的重点。
3、先天性代谢障碍性疾病
如：Wilson氏病，糖原累积症，高氨血症，抗胰蛋白酶缺乏症，家族性非溶血性黄疸，酪氨酸血症等。此类疾病，患者由于某种物质代谢异常，可导致患儿早年夭折或发育异常，是小儿肝移植中较多见的适应证。
4、胆汁淤积性疾病
如先天性胆道闭锁，原发性胆汁性肝硬化(PBC)，硬化性胆管炎(PSC)，继发性胆汁性肝硬化，卡洛里氏病，肝内胆管闭锁(Byler氏病)等，这类疾病，患者以黄疸为主要临床表现，该类患者黄疸可能很高，但肝脏合成功能可长时间保持正常。其中PBC、PSC移植后有复发的风险。
5、肝脏肿瘤
肝脏恶性肿瘤无肝外转移及大血管侵犯时也可做为肝脏移植适应证。2000年世界移植大会在意大利米兰召开时，大会建议肝癌肝移植应按米兰标准执行，即单发肿瘤小于等于5cm3，多发肿瘤不超过3个，无主要血管侵犯。