宝宝乳糖不耐受原因有可能是生理原因、先天性因素、肠胃疾病等，引起需要及时治疗。
1、生理原因：新生儿乳糖不耐受，有可能是肠道的发育不成熟造成的乳糖酶不足，随着月龄的增长会逐渐恢复正常。
2、先天性因素：宝宝乳糖不耐受有可能是基因突变引起的乳糖酶性分泌不足，属于染色体异常。
3、肠胃疾病：宝宝乳糖不耐受可能会出现腹胀腹泻等症状，有可能是肠胃内有炎症造成，可以去医院通过腹部彩超和肠胃镜检测，如果是肠胃内有炎症，遵医嘱服用蒙脱石散、乳糖酶冲剂、地衣芽孢杆菌活菌颗粒等。
除了以上三种原因外，也有可能是婴儿体内的乳糖酶降低引起。